농림축산식품부장관은 행정안전부장관과 협의를 거쳐 기금의 관리ㆍ운용에 관한 사무의 일부를 농업정책보험금융원에 위탁할 수 있다.

농림축산식품부장관은 기금의 수입과 지출을 명확히 하기 위하여 농업정책보험금융원에 기금계정을 설치하여야 한다.

기금은 농림축산식품부장관이 환경부장관과 협의하여 관리ㆍ운용한다.